Choć historia miejsca sięga XI wieku, to niewiele osób zdaje sobie sprawę, że do naszych czasów niewiele pozostało z tamtego okresu. Jest to zaledwie kilka romańskich fragmentów.

Początkowo, wybudowany na wzniesieniu Łysiec, kościół nosił wezwanie św. Trójcy. Dopiero gdy w 1306 roku Władysław Łokietek przekazał tamtejszym mnichom relikwie pochodzące z krzyża na Golgocie, kościół i klasztor zmieniły patrona. Od tego czasu „Święty Krzyż” stał się sanktuarium, do którego pielgrzymowali najznamienitsi.

W XV wieku kościół i klasztor zostały przebudowane w stylu gotyckim. Niestety wkrótce potem zabudowania poważnie uszczuplił pożar, konieczne więc były kolejne prace budowlane.

W połowie XVII wieku rozpoczęto kolejną przebudowę, ale kres pracom budowlanym położy „potop szwedzki”. Bazylikę złupiono, a mnichów wymordowano.

Gdy po raz kolejny odbudowano kościół i klasztor, a nawet dobudowano nowe skrzydło klasztorne przyszła kolejna katastrofa. Pożar wywołany w 1777 r. uderzeniem pioruna pochłonął zabudowania klasztorne i kościół, a mnichom udało się uchronić tylko relikwie i bibliotekę.

Wybudowano więc trzeci kościół, który został konsekrowany w 1806 roku.

Historię Świętego Krzyża przedstawiamy w najnowszym odcinku audycji „Moc historii”.