Kilkunastu opatów spoczywa w średniowiecznych kryptach, które znajdują się pod Klasztorem Ojców Cystersów w Jędrzejowie. Natomiast mnichów według zwyczaju w tradycji cysterskiej chowano w północnej stronie kościoła, w miejscu, gdzie dziś znajduje się ołtarz polowy.
Jak mówi ojciec Bruno Paterewicz, przeor Klasztoru Ojców Cystersów w Jędrzejowie są to pochówki sprzed 1819 roku, czyli sprzed kasaty klasztoru. Jak dodaje mimo, że wejście do krypt znajduje się przed wejściem do Kaplicy bł. Wincentego Kadłubka, na dziś nie są one udostępniane zwiedzającym. Ojciec Bruno nie ukrywa, że są plany, aby je zinwentaryzować.
– Możliwe, że kiedyś będą udostępnione zwiedzającym, jednak dopiero po renowacji i modernizacji kościoła oraz klasztoru – dodaje przeor.
We wczesnym średniowieczu opatów klasztoru chowano również w kapitularzu, czyli w miejscu spotkań całej wspólnoty. Miejsce to do dziś nie przetrwało. Jak mówi ojciec Buno, wtedy w kościele chowano tylko biskupów oraz znamienitych właścicieli ziemskich, a także fundatorów kościoła. Przykładem jest płyta nagrobna Pakosława z Mstyczowa, który pochowany jest po lewej stronie przy wejściu do zakrystii. Był on pierwszą świecką osoba, która została pochowana na terenie kościoła - powiedział przeor.
Na terenie jędrzejowskiego klasztoru znajduje się również wspólny grobowiec Ojców Franciszkanów, którzy na krótko przebywali w klasztorze w XIX wieku.
Od 1945 roku, czyli od momentu powrotu zakonników po kasacie do Jędrzejowa cystersi chowani są w zbiorowym grobowcu na Cmentarzu Klasztornym.