Od 25 listopada 1935 roku do 29 sierpnia 1939 roku służył w Korpusie Ochrony Pogranicza. Pełnił funkcję lekarza Batalionu KOP „Borszczów”. W trakcie mobilizacji w sierpniu 39 roku kapitan Chojnacki wyznaczony został na stanowisko naczelnego lekarza 163 Rezerwowego Pułku Piechoty, wchodzącego w skład 36 Rezerwowej Dywizji Piechoty, podporządkowanej Armii „Prusy”.