Przez kolejowe przejście graniczne w Braniewie przejeżdża coraz więcej towarów oraz pociągów. Głównie są to składy kolejowe z Rosji oraz z Chin.
Wszystkie towary podlegają kontroli. W związku ze wzrostem przepływu towarów na przejściu granicznym pojawi się dodatkowy skaner do prześwietlania pociągów. Będzie wykorzystywane podczas kontroli wszystkich typów wagonów towarowych. Zarówno tych wjeżdżających po torze szerokim jaki i wąskim.
System pozwoli na automatyczne pominięcie lokomotywy oraz wagonów pasażerskich, które są wyłączone ze skanowania. Możliwe będzie także prześwietlenie kilkudziesięciu centymetrów stali oraz identyfikacja przewożonych materiałów organicznych i nieorganicznych.
Uruchomienie skanera zaplanowano na wiosnę 2021 roku. W oddziale celnym w Braniewie znajduje się 18 miejsc z magazynami czasowego składowania oraz miejsc uznanych. Służbę pełni tu 34 funkcjonariuszy. Oddział Celny w Braniewie obsługuje również podróżnych w Morskim Przejściu Granicznym we Fromborku.