82 opatów, 275 przeorów oraz 1080 zakonników spoczywa na Świętym Krzyżu w podziemiach Klasztoru Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej. Ich szczątki są pochowane między innymi pod ołtarzem w krużgankach.
Oprócz tego miejsca szczątki zakonników, powstańców styczniowych, ale także księcia Jeremiego Wiśniowieckiego możemy oglądać w specjalnej krypcie, do której wejście znajduje się z boku kościoła
Dariusz Malajka, rektor bazyliki na Świętym Krzyżu wyjaśnia, że krypta znajduje się pod prezbiterium klasztoru.
– Niektóre trumny są bogatsze, bardziej zdobione, w nich spoczywają opaci klasztoru. Za kratami można zobaczyć między innymi szczątki opata Stanisława Sierakowskiego – wyjaśnia Dariusz Malajka
W osobnym pomieszczeniu znajduje się sarkofag ze szczątkami księcia Jeremiego Wiśniowieckiego. Szczątki są dobrze zachowane. Elementami stroju księcia są: pełny strój szlachecki, czapka, żupan oraz buty. W trumnie umieszczono także buławę, szablę, pas metalowy oraz krzyżyk. Był to kostium odtwórcy roli księcia w filmie „Ogniem i mieczem” Jerzego Hoffmana.
Wiśniowiecki chciał być pochowany w rodzinnym Wiśniowcu, ale tamtejszy kościół był zniszczony, wobec tego pochowano go w krypcie klasztoru na Świętym Krzyżu. Dariusz Malajka przyznaje, że naukowcy cały czas mają wątpliwości, co do autentyczności szczątków. Niejasności dotyczące ich pochodzenia mogą rozwiać jedynie badania genetyczne.
W udostępnionej do zwiedzania krypcie, oprócz sarkofagu księcia oraz trumien z ciałami benedyktynów, można zobaczyć także reprodukcje obrazów: „Bitwy pod Beresteczkiem” Franciszka Smuglewicza i portretu księcia Jeremiego z galerii Korybutów.
Otwarta w 2007 roku kościelna krypta grobowa na Świętym Krzyżu była niedostępna od 1806 roku, kiedy zamknięto ją po pożarze świątyni. Kaplica Zofii i Mikołaja Oleśnickich, w której spoczywał wcześniej także Jeremi Wiśniowiecki, jest teraz wyłącznie kryptą grobową fundatorów i miejscem adoracji relikwii Krzyża Świętego.
Krypty są dostępne dla zwiedzających przez cały rok od godziny 9:00 do 17:00.