M10D 215,072 MHz Zadzwoń do studia 41 200 20 20 
Choć oferta wykonawcy przekracza przewidziany na ten cel budżet, to władze województwa zdecydowały, że przeznaczą na ten cel dodatkowe pieniądze. Problemem pozostaje wciąż jednak kwestia postępowania uruchomionego przez Wojewódzką Konserwator Zabytków w sprawie ochrony działek, na których ma powstać obiekt. Zdaniem profesor Moniki Bogdanowskiej, teren po dawnym lotnisku wojskowym Rakowice – Czyżyny powinien zachować dotychczasowy wygląd i charakter.
O tym, czy teren zostanie objęty ochroną, ma zdecydować Główny Konserwator Zabytków. Jeśli okaże się, że, na działkach nie będzie można budować, to wszystkie starania podjęte dotychczas w sprawie Cogiteonu pójdą na marne. Jak wyjaśniają władze placówki, dotychczas wydano już 16 milionów złotych na zorganizowanie i rozstrzygnięcie konkursu architektonicznego, przygotowanie projektu budowlanego i zgromadzenie niezbędnych pozwoleń.
Wszystkie te dokumenty odnoszą się do konkretnej lokalizacji w Czyżynach. To miejsce ujęte jest również we wniosku o unijną dotację, która została przyznana na budowę Małopolskiego Centrum Nauki. Dlatego też jeśli teren zostanie objęty ochroną, to pieniądze trzeba będzie oddać, a powstanie Cogiteonu w innym miejscu i w zupełnie nowej aranżacji zostanie odłożone na dość odległą przyszłość.
W nowoczesnym gmachu, który powstanie przy al. Bora-Komorowskiego w krakowskich Czyżynach, znajdzie się wystawa stała o człowieku, obejmująca około 100 interaktywnych eksponatów. Oprócz niej do dyspozycji odwiedzających będzie sześć laboratoriów i pracowni.
Projekt obiektu został wybrany w lutym 2018 roku w wyniku konkursu architektonicznego, który wygrała wrocławska pracownia Heinle, Wischer und Partner. Planowany gmach ma kształt ostrosłupa trójkątnego, jest podzielony na cztery bryły i częściowo zagłębiony w ziemi. Na jego dachu zaplanowano spacerowy ogród o powierzchni prawie 10 tys. m. kw., gdzie znajdą się rośliny imitujące krajobrazy różnych zakątków świata. Obok obiektu posadzonych zostanie 296 drzew, 465 krzewów oraz łąki kwietne.
Budynek z rozwiązaniami ekologicznymi będzie korzystał z zasobów energii odnawialnej, dzięki wykorzystaniu pomp ciepła do ogrzewania i chłodzenia.
Zgodnie z zaprezentowanym w zeszłym roku projektem scenografii Małopolskiego Centrum Nauki Cogiteon, na jego ekspozycję złoży się pięć sal, w których będą przedstawione wyobrażenia m.in. neuronów, helis DNA i ludzkich tkanek.
Pierwotnie planowano, że budowa gmachu rozpocznie się jeszcze w tym roku, a obiekt zostanie udostępniony dla zwiedzających w 2022 r. Jednak w sierpniu br. małopolska wojewódzka konserwator zabytków Monika Bogdanowska wszczęła postępowanie w sprawie wpisania obszaru dawnego lotniska Rakowice-Czyżyny do rejestru zabytków. Na części tego obszaru znajduje się teren inwestycyjny, gdzie ma powstać budynek Cogiteonu oraz infrastruktura niezbędna do budowy centrum. Przedstawiciele władz Małopolski złożyli odwołanie od decyzji małopolskiej wojewódzkiej konserwator zabytków.
Inwestycja jest dofinansowana ze środków Unii Europejskiej – obecnie trwa procedura zwiększenia budżetu projektu do 226 mln zł. Kwota obejmie zarówno budowę siedziby centrum nauki, jak również powstanie ekspozycji stałej oraz zakup wyposażenia. Prawie 70 proc. środków pochodzi z Unii Europejskiej w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego.
Nazwa instytucji Cogiteon nawiązuje zarówno do łacińskiego słowa „cogito”, jak i sentencji Kartezjusza „Myślę, więc jestem” oraz cyklu poetyckiego „Pan Cogito” Zbigniewa Herberta. Nazwa czerpie również z greki, o czym świadczy przyrostek odwołujący się do miejsca działań artystycznych i rozrywkowych – „odeonu”.
