Historia powstania Kolei Jędrzejowskiej sięga I wojny światowej, początkowo były to linie frontowe (Rollbahn) C.K. Armii budowane od końca 1914 r. W lutym 1915 r. wojska austriackie dla potrzeb militarnych wybudowały pierwszy odcinek polowej linii wąskotorowej od Jędrzejowa do dzisiejszych Motkowic. W maju 1915 r. trwały prace przy budowie tymczasowych mostów na Nidzie, które służą kolejce do dziś; po cofnięciu się frontu austriacko – rosyjskiego znad rzeki Nidy rozpoczęto budowę dalszego odcinka linii do Hajdaszka, Sędziejowic i Chmielnika, a następnie przez Raków Opatowski do Bogorii. Łączna długość tej kolei wynosiła 86 km, niemal równolegle powstały odcinki Miechów – Węchadłów – Działoszyce, Kocmyrzów – Posądza.

W 1917 r. czynne już były kolejki na odcinku Kije – Pińczów – Michałów – Koniecmosty – Opatowiec oraz Staszów – Rytwiany – Pacanów – Szczucin, a w roku 1924 r. starostwo pińczowskie zbudowało odcinek linii od Pińczowa do Hajdaszka, gdzie łączyła się ona z kolejką jędrzejowską. Zarząd Pińczowskiej Kolei Wąskotorowej rozpoczął również pracę przy budowie linii od Pińczowa przez Wiślicę do Kazimierzy Wielkiej, zasadniczym celem i przeznaczeniem połączonych kolei był przewóz płodów rolnych, buraków, wysłodków, cukru, węgla, gipsu, drewna z wyrębu lasów, obsługę młynów, tartaków, gorzelni, kamieniołomów i lokalnych cegielni. Ważnym zadaniem kolei był także przewóz pasażerów pomiędzy wioskami i miastami, wynikający z braku w tym regionie dróg bitych.

Znaczenie przewozów pasażerskich jeszcze bardziej wzrosło w czasie okupacji niemieckiej. W dużej mierze z przejazdów koleją korzystały grupy organizacji podziemnych działających na terenie Kielecczyzny, dzięki współpracy ze służbą liniową kolei, która składała się wyłącznie z polskiego personelu. Na przełomie lat 1950/1951 rozpoczęto przekuwanie całej sieci torów kolei z szerokości 600 mm na 750 mm. W 1951 r. wprowadzono parowozy Px48 i Px49 produkcji polskiej z Chrzanowa. Przełom lat 60. i 70. to wprowadzanie lokomotyw spalinowych z serii. Lxd2, a w latach 70 transporterów do przewozu wagonów normalnotorowych.

Największe przewozy pasażerskie i towarowe zanotowano w 1966 r., ale później następował systematyczny ich spadek. Sukcesywnie zawieszano kursy pociągów pasażerskich, ograniczano ruch towarowy, aby 1.02.1993 r. zawiesić ruch całkowicie. Mimo problemów wzrosło zainteresowanie turystów dlatego z myślą o nich utworzono specjalny wąskotorowy pociąg turystyczny „Ciuchcia Express Ponidzie” po bardzo okrojonej trasie, która początkowo odbywała się na linii Jędrzejów – Wiślica, jednak po katastrofalnej powodzi w 1997 r. została ona skrócona do Pińczowa.

Po restrukturyzacji PKP w 2001 r. zawieszono kursowanie wszystkich kolejek w Polsce, na szczęście w 2002 r. po wielu staraniach kolejkę przejęły lokalne samorządy – ruch znów ożył, a w 2007 r. uruchomiono powtórnie połączenie do Stawian Pińczowskich, zaś w 2008 r. pierwszy i jak dotąd ostatni pociąg dotarł w XXI wieku do stacji Sędziejowice.